Δομική ποικιλομορφία και χαρακτηρισμός των πρωτεϊνών Avena sativa defensin
Date Issued
May 2021
Author(s)
Advisor
Abstract
Οι defensins είναι μικρές κατιονικές πρωτεΐνες, με όμοια και συμπαγή δομή, πλούσιες σε κυστείνη και διατηρούν την σταθερότητα τους μέσω των δισουλφιδικών δεσμών. Αυτά τα αντιμικροβιακά πεπτίδια (Anti-microbial peptides-AMPs), εκφράζονται ή είναι δυνατόν να υπάρχουν ήδη και να είναι ενεργά σε περίπτωση βιοτικής ή αβιοτικής καταπόνησης. Εκτός από το ότι είναι διαδεδομένες σε όλους του ευκαρυοτικούς οργανισμούς, έχουν μια τεράστια γκάμα από τρόπους/μηχανισμούς δράσης ενάντια σε παθογόνα και καθιστούν την πρώτη γραμμή άμυνας ως αμυντικός μηχανισμός των φυτών. Στην παρούσα μελέτη, αναλύσαμε μέσω λογισμικών βιοανάλυσης τις defensins της βρώμης (Avena sativa), σχετική με τις δομικές αποκλίσεις τους και τα χαρακτηριστικά τους. Οι αλληλουχίες της βρώμης κατατάχθηκαν στην ομάδα C8 λόγω του μοτίβου κυστεινών τους που είναι άκρως συντηρημένες. Τα δεδομένα μας έδειξαν ότι πρόκειται για trans-μεμβρανικές πρωτεΐνες με αρκετά συντηρημένα αμινοξέα, με επαναλαμβανόμενα μοτίβα που προδίδουν και τις πανομοιότυπες φυσικοχημικές ιδιότητες τους που τις κάνουν εφικτές να οδηγούνται στον εξωκυττάριο χώρο προς τον στόχο μέσω του πεπτίδιου οδηγού. Εξαίρεση αυτού, είναι η φυλογενετική ανάλυση πως ακόμη και όμοιας δομής, με επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες μεταξύ των πρωτεϊνών μας, η ανάλυση μας έδειξε ότι, πρόκειται για πρωτεΐνες που εξελιχθήκαν από διαφορετικές ανεξάρτητες προελεύσεις που παρουσιάζουν υψηλότερο βαθμό συγγένειας με άλλα μονοκοτυλήδονα.
File(s)![Thumbnail Image]()
Name
ΠΤΥΧΙΑΚΗ - ABSTRACT.pdf
Size
193.33 KB
Format
Adobe PDF
Checksum (MD5)
8ce228e2b3eb714dadef0c4e62505cad