Υπολογισμός της ελεύθερης ενέργειας διάλυσης με τη μέθοδο της μοριακής δυναμικής
Date Issued
2017
Author(s)
Advisor
Abstract
Η παρούσα πτυχιακή εργασία επικεντρώνεται στον υπολογισμό της ελεύθερης ενέργειας
διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής
δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες
χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα
οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας
επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε
τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η
διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του
υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν
δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο
στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ
που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση
του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν
με βιβλιογραφικά δεδομένα.
διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής
δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες
χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα
οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας
επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε
τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η
διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του
υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν
δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο
στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ
που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση
του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν
με βιβλιογραφικά δεδομένα.
File(s)![Thumbnail Image]()
Name
ABSTRACT.pdf
Size
158.74 KB
Format
Adobe PDF
Checksum (MD5)
66c57484e5944d4a808616666431d6c7