Παρακαλώ χρησιμοποιήστε αυτό το αναγνωριστικό για να παραπέμψετε ή να δημιουργήσετε σύνδεσμο προς αυτό το τεκμήριο:
https://hdl.handle.net/20.500.14279/10156| Τίτλος: | Υπολογισμός της ελεύθερης ενέργειας διάλυσης με τη μέθοδο της μοριακής δυναμικής | Συγγραφείς: | Παλάζης, Αντρέας | Λέξεις-κλειδιά: | Μοριακή δυναμική;Ελεύθερη ενέργεια διαλυτοποίησης;Συντελεστής σύζευξης λ. | Advisor: | Δασκαλάκης, Βαγγέλης | Ημερομηνία Έκδοσης: | 2017 | Department: | Department of Agricultural Sciences, Biotechnology and Food Science | Faculty: | Faculty of Geotechnical Science and Environmental Management | Περίληψη: | Η παρούσα πτυχιακή εργασία επικεντρώνεται στον υπολογισμό της ελεύθερης ενέργειας διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με βιβλιογραφικά δεδομένα. | Description: | This thesis focuses on the free energy of solvation calculations of eleven organic molecules in water using molecular dynamics simulation. The theoretical background is analyzed to understand basic information useful for the continuation of work as well as basic information on the organic molecules used. The second part of the thesis focuses on conducting the experiment. The organics were designed in a three-dimensional structure and solvation was simulated with the coupling parameter λ in water TIP4P/2005. The calculations were made using the Gromacs computational package. Steepest descent method and L-BFGS were used to minimize energy. Two statistical models, constant temperature and constant volume were used. The resulting energy profile for each λ gives the free energy to the system using gmx-bar. The validity of the model was checked and the results compared with bibliographic data. | URI: | https://hdl.handle.net/20.500.14279/10156 | Rights: | Απαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κάτοχου των πνευματικών δικαιωμάτων. | Type: | Bachelors Thesis | Affiliation: | Cyprus University of Technology |
| Εμφανίζεται στις συλλογές: | Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses |
Αρχεία σε αυτό το τεκμήριο:
| Αρχείο | Περιγραφή | Μέγεθος | Μορφότυπος | |
|---|---|---|---|---|
| ABSTRACT.pdf | Περίληψη | 158.74 kB | Adobe PDF | Δείτε/ Ανοίξτε |
CORE Recommender
Page view(s)
242
Last Week
1
1
Last month
4
4
checked on 11 Μαϊ 2024
Download(s) 5
91
checked on 11 Μαϊ 2024
Google ScholarTM
Check
Όλα τα τεκμήρια του δικτυακού τόπου προστατεύονται από πνευματικά δικαιώματα