1. Ktisis Cyprus University of Technology
  2. Cyprus University of Technology (Research Output)
  3. Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses
Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/20.500.14279/10156
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorΔασκαλάκης, Βαγγέλης-
dc.contributor.authorΠαλάζης, Αντρέας-
dc.date.accessioned2017-06-20T06:26:27Z-
dc.date.available2017-06-20T06:26:27Z-
dc.date.issued2017-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.14279/10156-
dc.descriptionThis thesis focuses on the free energy of solvation calculations of eleven organic molecules in water using molecular dynamics simulation. The theoretical background is analyzed to understand basic information useful for the continuation of work as well as basic information on the organic molecules used. The second part of the thesis focuses on conducting the experiment. The organics were designed in a three-dimensional structure and solvation was simulated with the coupling parameter λ in water TIP4P/2005. The calculations were made using the Gromacs computational package. Steepest descent method and L-BFGS were used to minimize energy. Two statistical models, constant temperature and constant volume were used. The resulting energy profile for each λ gives the free energy to the system using gmx-bar. The validity of the model was checked and the results compared with bibliographic data.en_US
dc.description.abstractΗ παρούσα πτυχιακή εργασία επικεντρώνεται στον υπολογισμό της ελεύθερης ενέργειας διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με βιβλιογραφικά δεδομένα.en_US
dc.formatpdfen_US
dc.language.isoelen_US
dc.publisherΤμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Περιβάλλοντος, Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών και Διαχείρισης Περιβάλλοντος, Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρουen_US
dc.rightsΑπαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κάτοχου των πνευματικών δικαιωμάτων.en_US
dc.subjectΜοριακή δυναμικήen_US
dc.subjectΕλεύθερη ενέργεια διαλυτοποίησηςen_US
dc.subjectΣυντελεστής σύζευξης λ.en_US
dc.titleΥπολογισμός της ελεύθερης ενέργειας διάλυσης με τη μέθοδο της μοριακής δυναμικήςen_US
dc.typeBachelors Thesisen_US
dc.affiliationCyprus University of Technologyen_US
dc.relation.deptDepartment of Agricultural Sciences, Biotechnology and Food Scienceen_US
dc.description.statusCompleteden_US
cut.common.academicyear2016-2017en_US
dc.relation.facultyFaculty of Geotechnical Science and Environmental Managementen_US
item.fulltextWith Fulltext-
item.cerifentitytypePublications-
item.grantfulltextopen-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_46ec-
item.openairetypebachelorThesis-
item.languageiso639-1el-
crisitem.author.deptDepartment of Chemical Engineering-
crisitem.author.facultyFaculty of Geotechnical Sciences and Environmental Management-
crisitem.author.orcid0000-0001-8870-0850-
crisitem.author.parentorgFaculty of Geotechnical Sciences and Environmental Management-
Appears in Collections:Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses
Files in This Item:
File Description SizeFormat
ABSTRACT.pdfΠερίληψη158.74 kBAdobe PDFView/Open
CORE Recommender
Show simple item record

Page view(s)

242
Last Week
1
Last month
4
checked on May 11, 2024

Download(s) 5

91
checked on May 11, 2024

Google ScholarTM

Check


Items in KTISIS are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.