Please use this identifier to cite or link to this item:
https://hdl.handle.net/20.500.14279/10156| Title: | Υπολογισμός της ελεύθερης ενέργειας διάλυσης με τη μέθοδο της μοριακής δυναμικής | Authors: | Παλάζης, Αντρέας | Keywords: | Μοριακή δυναμική;Ελεύθερη ενέργεια διαλυτοποίησης;Συντελεστής σύζευξης λ. | Advisor: | Δασκαλάκης, Βαγγέλης | Issue Date: | 2017 | Department: | Department of Agricultural Sciences, Biotechnology and Food Science | Faculty: | Faculty of Geotechnical Science and Environmental Management | Abstract: | Η παρούσα πτυχιακή εργασία επικεντρώνεται στον υπολογισμό της ελεύθερης ενέργειας διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με βιβλιογραφικά δεδομένα. | Description: | This thesis focuses on the free energy of solvation calculations of eleven organic molecules in water using molecular dynamics simulation. The theoretical background is analyzed to understand basic information useful for the continuation of work as well as basic information on the organic molecules used. The second part of the thesis focuses on conducting the experiment. The organics were designed in a three-dimensional structure and solvation was simulated with the coupling parameter λ in water TIP4P/2005. The calculations were made using the Gromacs computational package. Steepest descent method and L-BFGS were used to minimize energy. Two statistical models, constant temperature and constant volume were used. The resulting energy profile for each λ gives the free energy to the system using gmx-bar. The validity of the model was checked and the results compared with bibliographic data. | URI: | https://hdl.handle.net/20.500.14279/10156 | Rights: | Απαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κάτοχου των πνευματικών δικαιωμάτων. | Type: | Bachelors Thesis | Affiliation: | Cyprus University of Technology |
| Appears in Collections: | Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ABSTRACT.pdf | Περίληψη | 158.74 kB | Adobe PDF | View/Open |
CORE Recommender
Page view(s)
241
Last Week
0
0
Last month
2
2
checked on Apr 27, 2024
Download(s) 50
91
checked on Apr 27, 2024
Google ScholarTM
Check
Items in KTISIS are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.