Φασματοσκοπικές μελέτες με την χρήση μοριακής δύναμης

Abstract

Η παρούσα διατριβή αφορά στη θεωρητική μελέτη και το σχεδιασμό ενός μοντέλου – δομής με τη βοήθεια ενός γραφικού περιβάλλοντος σε υπολογιστή και στη συνέχεια με τη χρήση ηλεκτρονικού υπολογιστή και εξειδικευμένου λογισμικού στη βελτιστοποίηση της δομής βάσει Μοριακής Μηχανικής και Δυναμικής. Μελετήθηκαν φασματοσκοπικά οι αλλαγές που συμβαίνουν στην αίμη όταν αυτή αλληλεπιδρά με τα αέρια CO, NO καθώς επίσης και στο ενδιάμεσο της αναγωγής του Ο2 σε Η2Ο στην βακτηριακή αναπνοή. Καθώς υπάρχει ένα κοινό στοιχείο σε όλα αυτά - η εγγύς ιστιδινη - μεταβάλουμε τη θέση της για να μελετήσουμε πως επηρεάζονται τα φασματοσκοπικά χαρακτηριστικά στη θέση δέσμευσης των αερίων στην αίμη. Αν τα επηρεάζει η θέση της ιστιδίνης ή όχι και κατά πόσο η μέθοδος της μοριακής δυναμικής σε μικρό σύστημα (αίμη) μπορεί να δώσει σωστά αποτελέσματα. Η διατριβή χωρίζεται σε τέσσερα μέρη. Στο πρώτο αναπτύσσεται το θεωρητικό υπόβαθρο σχετικά με την λειτουργία της αίμης. Ακολούθως θα αναφερθούμε στο θεωρητικό υπόβαθρο για τις προσομοιώσεις της μοριακής δυναμικής. Στο τρίτο μέρος αναλύεται και παρουσιάζεται η διαδικασία - μεθοδολογία που ακολουθήθηκε για την προσομοίωση μοριακής δυναμικής της αίμης. Στο τέλος, θα παρουσιαστούν και θα συζητηθούν εκτενώς τα αποτελέσματα των προσομοιώσεων των συστημάτων όπου η αίμη είχε δεσμευμένο στον σίδηρο της τα εξής άτομα ή ζεύγη ατόμων: 16O, 18O, 12C -16O, 12C -18O, 14C -16O, 14C -18O, 14N -16O, 14N -18O, 15N -16O, 15N -18O.