Επίδραση διαφορετικών μεθοδολογιών εηαγωγής DNA στην ανάλυση του μικροβιώματος κυπριακών παραδοσιακών αλλαντικών - Ευθυμίου, Μαρίνα (Τμήμα Γεωπονικών Επιστημών, Βιοτεχνολογίας και Επιστήμης Τροφίμων, Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών και Διαχείρισης Περιβάλλοντος, Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου, 2019)
Τα παραδοσιακά τρόφιμα αποτελούν αναπόσπαστο μέρος της πολιτιστικής κληρονομιάς, της ιστορίας και της ταυτότητας μιας περιοχής ή μιας χώρας. Από βιοτεχνολογικής άποψης, χαρακτηρίζονται από μια αντιπροσωπευτική μικροβιακή χλωρίδα η οποία είναι χαρακτηριστική της περιοχής και της μεθοδολογίας με την οποία παρασκευάζονται. Τα κυπριακά παραδοσιακά αλλαντικά αποτελούν προϊόντα με ιδιαίτερα χαρακτηριστικά τόσο λόγω των μεθόδων παραγωγής, όσο και της ζύμωσης στην οποία υπόκεινται από ιθαγενή μικροβιακά στελέχη, γεγονός που τα καθιστά στενά συνυφασμένα με το κυπριακό περιβάλλον και παράδοση. Η μελέτη της βιοποικιλότητας των μικροοργανισμών που βρίσκονται στα Κυπριακά Παραδοσιακά Λουκάνικα Πιτσιλιάς και Πάφου μπορεί να συμβάλει στην καλύτερη κατανόηση του ρόλου τους στο οργανοληπτικό προφίλ, στην ποιότητα, στην ασφάλεια αλλά και στη δημιουργία νέων καινοτόμων προϊόντων. Οι τεχνικές αλληλούχησης επόμενης γενιάς σε συνδυασμό με τις κλασσικές μοριακές και μικροβιολογικές τεχνικές επιτρέπουν τον προσδιορισμό της μικροβιακής οικολογίας των παραδοσιακών προϊόντων. Η εξαγωγή των νουκλεϊκών οξέων είναι το πρώτο βήμα στις πλείστες μοριακές εφαρμογές. Επομένως, ο προσδιορισμός της καταλληλότερης μεθόδου απομόνωσης DNA είναι εξαιρετικά σημαντικός για τις μετέπειτα μοριακές διαδικασίες ταυτοποίησης μικροοργανισμών. Στόχο της παρούσας μελέτης αποτελεί η επιλογή του αποδοτικότερου πρωτοκόλλου απομόνωσης DNA προκειμένου να επιτευχθεί η ανάλυση του μικροβιώματος των κυπριακών παραδοσιακών λουκάνικων με μικροβιολογικές και μοριακές μεθόδους.
Keywords: Παραδοσιακά λουκάνικα; Οξυγαλακτικά βακτήρια; Ζύμες; Σταφυλόκοκκοι αρνητικοί στην κοαγκουλάση; Μικροβιακή καλλιέργεια; Εξαγωγή DNA; μοριακή ανάλυση; qPCR; Molecular analysis; qPCR; Lactic acid bacteria; Traditional sausages; Yeasts; Coagulase-negative staphylococci; Microbial culture; DNA extraction