Please use this identifier to cite or link to this item: http://ktisis.cut.ac.cy/handle/10488/8769
Title: Το σύμπλεγμα περισυλλογής φώτος (LHC) στο φωτοσύστημα II: με τη χρήση προσομοιώσεων μοριακής δυναμικής
Authors: Χαραλάμπους, Αντρέας 
Keywords: Light Harvesting Complex
Κλασσική Μοριακή Δυναμική
Issue Date: 2016
Publisher: Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Περιβάλλοντος, Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών και Διαχείρισης Περιβάλλοντος, Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου
Abstract: Το σύμπλεγμα συλλογής ηλιακής ακτινοβολίας (LHC Light Harvesting Complex) του φωτοσυστήματος ΙΙ (LHC-II/PS II Photosystem II) συλλέγει την ηλιακή ενέργεια, για την φωτοσύνθεση, σε μεμβράνες των χλωροπλαστών και έχει ουσιαστικό ρόλο στη ρύθμιση της φωτοσύνθεσης και στη φωτοπροστασία όταν υπάρχουν μεγάλα ποσοστά ηλιακής ακτινοβολίας. Η δομή στα 2.5 Α του LHC-II στα μπιζέλια προσδιορίστηκε με κρυσταλλογράφιση ακτινών Χ των στοιβασμένων κρυστάλλων δύο διαστάσεων (κωδικός 2BHW). Πιστεύεται ότι το LHC-II μπορεί να αλλάξει τη λειτουργία του με την εναλλαγή σε διαφορετικές διαμορφώσεις. Για τον προσδιορισμό των δομικών αλλαγών που παρουσιάζονται και στην αποτύπωση των περιοχών δυναμικής απόσβεσης περίσσειας φωτός, μελετήθηκε η δυναμική του major LHC στα μπιζέλια (κωδικός 2BHW). Πραγματοποιήθηκαν προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής σε υπολογιστικό περιβάλλον LINUX χρησιμοποιώντας διάφορα λογισμικά για την ετοιμασία της πρωτεΐνης και τις προσομοιώσεις. Δύο διαφορετικές καταστάσεις πρωτονίωσης χρησιμοποιήθηκαν, μία με χαμηλό pH και μία με υψηλά επίπεδα pH στο Lumen των χλωροπλαστών. Σε κάθε περίπτωση πρωτονίωσης, επίσης, δύο ξεχωριστές περιπτώσεις δημιουργήθηκαν με διαβάθμιση συγκέντρωσης άλατος KCl. Η μια με υψηλή (0.5Μ) και η άλλη με χαμηλή διαβάθμιση. Με τον τρόπο αυτό προσομοιώνεται η αντίδραση της πρωτεΐνης στα πρωτόνια/ KCl. Τα δείγματα έτρεξαν σε τροχιές Κλασσικής Μοριακής Δυναμικής. Παρατηρήθηκε μεγαλύτερη αλλαγή στη διαμόρφωση του δείγματος με χαμηλό pH και συγκέντρωση άλατος, στην περιοχή του έλικα-5.
Description: The Light Harvesting Complex LHC of photosystem II (LHC-II) collects and transmits the solar energy for photosynthesis in chloroplast membranes and it has an essential role in regulating photosynthesis and photoprotection, when there is excess light radiation. The 2.5 Å structure of pea LHC-II has been determined by X-ray crystallography of stacked two-dimensional crystals. It is believed that LHCII can change its function by switching between different conformations. To determine the structural changes involved in the switch and to identify potential quenching sites, we have explored the structural dynamics of LHCII (protein database code: 2BHW). Molecular Dynamics Simulations were run with the use of different software packages for the preparation and simulations. Two different protonation states were used, one with low pH and one with high pH at the lumen site of the chloroplasts. In each protonation case, two distinct cases were also determined regarding a KCL salt concentration gradient, one with a high gradient (0.5M) and one with lower. The gradient was attained by adding salts only to the lumen side of the membrane. This simulated the protein’s response to protons and KCl presence. Samples were run in Classic Molecular Dynamics trajectories. We observe a larger conformational change for the low pH/ high salt content sample and especially for helix-5.
URI: http://ktisis.cut.ac.cy/jspui/handle/10488/8769
Rights: Απαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κατόχου των πνευματικών δικαιωμάτων
Appears in Collections:Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
ABSTRACT.pdf294.36 kBAdobe PDFView/Open
Show full item record

Page view(s)

16
Last Week
6
Last month
3
checked on Jun 24, 2017

Download(s) 50

3
checked on Jun 24, 2017

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.