Please use this identifier to cite or link to this item: http://ktisis.cut.ac.cy/handle/10488/3115
Title: Ανάπτυξη κώδικα MATLAB στην επξεργασία δεδομένων από μοριακά δυναμική
Authors: Χαραλάμπους, Φεβρωνία 
Keywords: MATLAB code
Atmospheric gases
Issue Date: 2013
Publisher: Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Περιβάλλοντος, Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών και Διαχείρισης Περιβάλλοντος, Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου
Abstract: Within the scope of this dissertation, entitled “"Development of MATLAB code for processing data by Molecular Dynamics (Theoretical Vibrational Spectroscopy)”, a MATLAB code was developed in order to determine the vibrational spectrum of atmospheric gases: Carbon monoxide (CO), methanol (CH3OH), glyoxal (CHOCHO), as well as intermediate products of the respiration process; the ferryl-oxo intermediate of the reduction of atmospheric 16Ο2 and 18Ο2 to water by cytochrome c oxidase from. Initially, we present the literature for the MATLAB code development and basic mathematical themes on Fourier Series, Integral and Fourier Transforms. We focused on the Discrete and Fast Fourier Transform as well as the Velocity Autocorrelation Function, a direct output of the Molecular Dynamics Calculations. The above methods were implemented into the MATLAB code, which, loads a time-speeds series out of a Molecular Dynamics Calculation, , it determines their Velocity Autocorrelation Function and subsequently the vibrational spectrum of the system. . The goal is to determine the best sampling for the velocities of the system atoms, for diverse systems, throughout a Molecular Dynamics Simulation, in order to produce an accurate theoretical vibrational spectrum of the system; absorption values that do not deviate significantly from the experiment. Therefore, this dissertation presents results that will help in saving computer memory during the calculation, as the sampling rate is a crucial drawback in the speed and storage needs of the Molecular Dynamics (MD) Calculations We determined that this sampling rate is system-specific and should be calculated before the MD production runs
Description: Στα πλαίσια της πτυχιακής μου εργασίας με τίτλο «Ανάπτυξη κώδικα ΜATLAB στην επεξεργασία δεδομένων από Μοριακή Δυναμική (Θεωρητική Δονητική Φασματοσκοπία)» αναπτύχθηκε κώδικας MATLAB ούτως ώστε να προσδιοριστεί το δονητικό φάσμα των ατμοσφαιρικών αερίων: Μονοξείδιο του άνθρακα (CO), Μεθανόλη (CH3OH), Γλυοξάλη (CHOCHO) και των ενδιάμεσων προϊόντων της διαδικασίας της αναπνοής∙ του ferryl-oxo ενδιαμέσου της κυτοχρωμικής c οξειδάσης από την αναγωγή του ατμοσφαιρικού 16Ο2 και του 18Ο2 σε νερό. Αρχικά, προσδιορίζεται το θεωρητικό υπόβαθρο στο οποίο στηρίζεται η ανάπτυξη του κώδικα MATLAB και οι απαραίτητες γνώσεις μαθηματικών κυρίως σε θέματα Σειρών, Ολοκληρωμάτων και Μετασχηματισμών Fourier. Έμφαση δίδεται κυρίως στον Ταχύ και Διακριτό Μετασχηματισμό Fourier καθώς επίσης και στις Συναρτήσεις Αυτοσυσχέτισης, ένα άμεσο αποτέλεσμα των Υπολογισμών Μοριακής Δυναμικής. Οι πιο πάνω μέθοδοι χρησιμοποιήθηκαν με απώτερο σκοπό να αναπτυχθεί ο κώδικας MATLAB, ο οποίος αφού «διαβάσει» τις ταχύτητες δεσμών και αποστάσεων των ατόμων του υπό μελέτη μορίου, ορίζει την Συνάρτηση Αυτοσυσχέτισης για να προσδιορίσει το δονητικό φάσμα του μορίου. Στόχος είναι να καθοριστεί ο καλύτερος ρυθμός δειγματοληψίας για τις ταχύτητες των ατόμων του συστήματος, για διάφορα μοριακά συστήματα, καθ’ όλη τη διάρκεια Προσομοίωσης Μοριακής Δυναμικής προκειμένου να προσδιοριστεί το ακριβές θεωρητικό δονητικό φάσμα του συστήματος∙ οι τιμές απορρόφησης οι οποίες δεν αποκλίνουν σημαντικά από τα πειραματικά δεδομένα. Ως εκ τούτου, τα αποτελέσματα της μελέτης θα βοηθήσουν στο να προσδιοριστεί ο καλύτερος ρυθμός δειγματοληψίας, που δεν προκαλεί τεράστιες διακυμάνσεις στο φάσμα κάθε μορίου και εξοικονομεί μνήμη στον υπολογιστή κατά τη διάρκεια του υπολογισμού του. Προτείνετε η ανεύρεση του καλύτερου ρυθμού δειγματοληψίας για συγκεκριμένο σύστημα και έτσι να προχωρήσει ο ερευνητής σε παραγωγικούς υπολογισμούς Μοριακής Δυναμικής
URI: http://ktisis.cut.ac.cy/jspui/handle/10488/3115
Rights: Απαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κάτοχου των πνευματικών δικαιωμάτων.
Appears in Collections:Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Φεβρωνία Χαραλάμπους .pdf2.67 MBAdobe PDFView/Open
Show full item record

Page view(s) 50

28
Last Week
0
Last month
4
checked on Aug 24, 2017

Download(s) 10

15
checked on Aug 24, 2017

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.