Please use this identifier to cite or link to this item: http://ktisis.cut.ac.cy/handle/10488/10156
Title: Υπολογισμός της ελεύθερης ενέργειας διάλυσης με τη μέθοδο της μοριακής δυναμικής
Authors: Παλάζης, Αντρέας 
Keywords: Μοριακή δυναμική;Ελεύθερη ενέργεια διαλυτοποίησης;Συντελεστής σύζευξης λ.
Advisor: Δασκαλάκης, Ευάγγελος
Issue Date: 2017
Publisher: Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Περιβάλλοντος, Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών και Διαχείρισης Περιβάλλοντος, Τεχνολογικό Πανεπιστήμιο Κύπρου
Abstract: Η παρούσα πτυχιακή εργασία επικεντρώνεται στον υπολογισμό της ελεύθερης ενέργειας διαλυτοποίησης έντεκα οργανικών μορίων σε νερό με προσομοίωση μοριακής δυναμικής. Αναλύεται το θεωρητικό υπόβαθρο για να κατανοηθούν βασικές έννοιες χρήσιμες για την συνέχεια της εργασίας καθώς επίσης και βασικές πληροφορίες για τα οργανικά μόρια που χρησιμοποιηθήκαν. Το δεύτερο κομμάτι τις εργασίας επικεντρώνεται στην διεξαγωγή του πειράματος. Τα οργανικά σχεδιάστηκαν σε τρισδιάστατη δομή και με την βοήθεια του συντελεστή σύζευξης λ προσομοιώθηκε η διαλυτοποίηση τους σε νερό TIP4P/2005. Οι υπολογισμοί έγιναν με βοήθεια του υπολογιστικού πακέτου Gromacs. Για την ελαχιστοποίηση ενέργειας χρησιμοποιήθηκαν δύο μέθοδοι η steepest descent method και η L-BFGS. Χρησιμοποιήθηκαν δύο στατιστικά μοντέλα, σταθερής θερμοκρασίας και σταθερού όγκου. Το ενεργειακό προφίλ που προκύπτει για κάθε τιμή λ δίνει την ελεύθερη ενέργεια στο σύστημα με την χρήση του gmx-bar. Η εγκυρότητα του μοντέλου εξετάστηκε και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με βιβλιογραφικά δεδομένα.
Description: This thesis focuses on the free energy of solvation calculations of eleven organic molecules in water using molecular dynamics simulation. The theoretical background is analyzed to understand basic information useful for the continuation of work as well as basic information on the organic molecules used. The second part of the thesis focuses on conducting the experiment. The organics were designed in a three-dimensional structure and solvation was simulated with the coupling parameter λ in water TIP4P/2005. The calculations were made using the Gromacs computational package. Steepest descent method and L-BFGS were used to minimize energy. Two statistical models, constant temperature and constant volume were used. The resulting energy profile for each λ gives the free energy to the system using gmx-bar. The validity of the model was checked and the results compared with bibliographic data.
URI: http://ktisis.cut.ac.cy/handle/10488/10156
Rights: Απαγορεύεται η δημοσίευση ή αναπαραγωγή, ηλεκτρονική ή άλλη χωρίς τη γραπτή συγκατάθεση του δημιουργού και κάτοχου των πνευματικών δικαιωμάτων.
Type: Bachelors Thesis
Appears in Collections:Πτυχιακές Εργασίες/ Bachelor's Degree Theses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
ABSTRACT.pdfΠερίληψη158.74 kBAdobe PDFView/Open
Show full item record

Page view(s) 50

38
Last Week
1
Last month
2
checked on Nov 23, 2017

Download(s) 20

11
checked on Nov 23, 2017

Google ScholarTM

Check


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.